Som vid alla mentala störningar, man måste först fråga sig om det verkligen är fråga om en mental störning. Bara om personen mår dåligt och vill ha hjälp är behandling motiverad. För mildare former av transgender, behandling handlar bara om att få personen och andra personer i hans omgivning att acceptera hans intresse för att pröva omvända könsroller. Viktigt är också att få omgivningen att förstå att en transperson inte nödvändigtvis vill ha sex i enlighet med sin transroll. Ibland kan behandling vara att hjälpa personen att hitta grupper i vilka transpersoner är accepterade.

Vid behandling ställer vi alltid frågan om känslan ska anpassas till kroppen eller tvärtom. Vid mildare form av könsidentitetsstörning kan psykoterapi användas.

Eftersom det är svårt att behandla, tycks det enda alternativet vara att anpassa kroppen efter könskarakteristika. Under den första fasen av denna behandling undersöks den psykologiska och psykosexuella utvecklingen, patientens individuella kapacitet, och sociala omgivning. Denna fas är också tänkt att sålla bort personer med helt andra motiv för könsbyte och patienter som är förvirrade över sin könstillhörighet.

Den andra fasen är ' försök i verkliga livet ': personen övar sig i den önskade könsrollen. Berörda människor i omgivningen (chefer, föräldrar, familj, vänner, etc.) måste bli informerade och ett nytt namn måste väljas. Den sociala roll som prövas under denna tid stärks av hormonbehandling. Hårväxt och röst förändras knappt alls av hormonbehandling; för detta används talterapi och kosmetiska interventioner. Om detta försök går bra får patienten tid för operation..

När en kvinna vill operera sig till man förminskas alltid brösten. I vissa fall görs också en penis. På blivande kvinnor skapas ofta en vagina.

Efter alla de medicinska ingreppen är tiden kommen till att leva med den nya kroppen, med ärr, rädslan att bli upptäckt, osäkerhet om vad man ska säga och vad man inte ska säga till en ny partner och många frågor om sexualitet. Även människor i omgivningen kan ha svårigheten med den nya situationen. Detta innebär att fortsatt rådgivning är bra. Att bli tvungen att ta hormoner för resten av livet är svårt för vissa, och innebär att läkaren fortsätter att vara motiverad.