Liksom för heterosexuella par kan det uppstå konflikter och problem också för samkönade par. De kan ha problem med konflikter, kärlek, sex och problem att förstå varandra. Ibland vill den ena parten separera, medan den andra absolut vill fortsätta relationen. Den som vill separera, kan vara rädd för att såra sin partner och törs därför inte säga hela sanningen.

De flesta problem som kan uppstå för heterosexuella par kan också uppstå för samkönade par. Parterapi eller familjerådgivning kan behövas, och de metoder som används vid parterapi och familjerådgivning för heterosexuella par fungerar vanligtvis också vid problem hos samkönade par.

Otrohet, eller felaktig tro på att den andra partnern har varit otrogen, är inte ovanligt. Vissa homosexuella människor är bisexuella, och otrohet och svartsjuka kan då gälla även för en person av annat kön.

Det finns olika sätt för homosexuella par att få barn. Metoderna kan likna dem som används för heterosexuella par med barnlöshet. Skillnad kan vara vad lagstiftningen säger. Ibland får man uppge att man är ensamstående, inte att man har en sambo av samma kön som en själv. Ibland behöver man resa utomlands, t.ex. till Finland eller Danmark för att få insemination. En lesbisk kvinna kan be en manlig vän att lämna sperma i ett pessar, som hon själv kan föra in i slidan. Nackdel med detta är att det kan bli problem med barnets biologiska far i framtiden. Alla män är inte villiga att bli en sådan spermadonator, bland annat för att de juridiskt betraktas som barnets far, vilket de kanske inte vill, om de bara är spermadonator till ett lesbiskt par som vill ha hjälp med att skaffa barn.

Experimentellt har man i forskning lyckats omvandla en vanlig cell i kroppen hos en kvinna till en spermie. Sådana spermier kan då användas för att befrukta ett ägg från en annan kvinna, så att två kvinnor kan få ett barn tillsammans, där barnet verkligen biologiskt har dessa två kvinnor till sina föräldrar.

Man kan föredra en anonym spermadonator för att minska risken för problem med barnens biologiska fäder. Om man gör insemination i Finland eller Danmark kan barnets biologiska far vara anonym. En annan metod, är att ett homosexuellt (manligt) par och ett lesbiskt (kvinnligt par) kommer överens om att skaffa barn tillsammans.

Psykoterapi kan också behövas för att hantera konflikter som kan uppstå för sådana par, där bara den ena partnern är biologisk far eller mor till barnen.