Manische und depressive Episoden können unter Umständen lebenslang wiederkehren. Zwischen den Episoden sind Patienten mit einer Bipolaren Störung üblicherweise frei von Symptomen, allerdings kann bis zu einem drittel ein sog. Residualsyndrom aufweisen. Nur ein sehr geringer Prozentsatz von Patienten hat einen chronischen Krankheitsverlauf ohne Stabilsierung bzw. Rückbildung von Symptomen trotz Behandlung.

Wird die Erkrankung vernünftigt behandelt können die Patienten ein gesundes und produktives Leben ganz normal führen. Ohne Behandlung (d.h. Phasenprophylaxe mit entsprechenden Medikamenten wie Lithium, Carbamazepin oder Valproinsäure) ist der Verlauf jedoch häufig fortschreitend schlechter. Mit der Zeit treten dann häufigere und intensivere Phasenwechsel mit Depression und Manie auf (sog. rapid cycling). Die einzelnen Episoden der Manie und Depression verlaufen dann schwerer und länger als zu Beginn der Erkrankung.

In den meisten fällen kann eine angemessene und regelmässig eingenommene Medikation jedoch die Häufigkeit und Schwere der Erkrankungsphasen sehr günstig beeinflussen und kann den meisten Menschen mit dieser Erkrankung dazu helfen eine hohe Lebensqualität zu erzielen.