Menschen, die fühlen im falschen Geschlecht bzw. Körper geboren zu sein, können bereits in der Kindheit und Jugend unglücklich sein. Depressive Gefühle, das Gefühl unverstanden zu bleiben, Rebellion und Ausgrenzung sowie Isolation können über einen langen Zeitraum das Leben mitbesteimmen. Die Geschlechtsumwandlungstherapie kann aber selber auch zu Ängsten vor Intimität, Angst vor Entdeckung, Einsamkeit, Unverständnis der Umwelt, Indiskretion führen und u.a. zu einer depressiven Entwicklung oder exzessiven Konsum von Alkohol oder Drogen beitragen. Daher treten vergleichsweise häufig psychologische Probleme auf.

Daher ist die therapeutische Unterstützung und Beratung z.B. durch einen spezialisierten Therapeuten oder Sozialarbeiter wichtig, um den Umgang mit diesen Gefühlen und Erfahrungen vor, während und nach der Geschlechtsumwandlung zu erlernen.