L'anoressia e il digiuno possono causare l'arresto del ciclo mestruale (amenorrea). Normalmente circa il 22 per cento del corpo della donna dovrebbero essere formato dal grasso affinché le mestruazioni possano comparire regolarmente; se il ciclo mestruale non ritorna dopo che l'anoressia è stata curata, il problema potrebbe essere la mancanza di ferro, se invece vi è amenorrea malgrado un peso corporeo normale e dei valori medi di ferro, dovrebbe essere consultato un ginecologo.

L'interruzione mestruale del ciclo (amenorrea) può avere molte cause; nel caso dell'anoressia è dovuto all'alterazione della normale produzione dei precursori degli ormoni sessuali femminili dell'ipotalamo (la zona nel cervello che controlla la secrezione ghiandolare), con conseguente cambiamento dei livelli degli ormoni sessuali nel sangue. Questa alterazione è causata dalla perdita del peso corporeo e dalla restrizione alimentare, il ciclo mestruale solitamente ricompare alcuni mesi dopo il recupero fisiologico del peso.

Gli effetti principali di queste alterazioni influiscono su tutte le attività fisiologiche controllate dagli ormoni sessuali, il corpo arresta il ciclo mestruale per proteggere le riserve di protetine nel sangue . L' amenorrea porta ad una riduzione del desiderio sessuale (negli uomini si manifesta sotto forma di impotenza), ciò è anche dovuto alla riduzione dei livelli di ormone nel sangue; in questi casi si parla di anoressia sessuale. Una riduzione progressiva delle caratteristiche sessuali secondarie (riduzione della distribuzione della massa grassa e muscolare, del timbro della voce) possono presentarsi come conseguenza dell'alterata secrezione degli ormoni sessuali.

Il calo del livello degli ormoni, collegato alle trasformazioni nelle ossa ed alla demineralizzazione dei denti (i denti vengono speso attacati dagli acidi che sono presenti nel vomito) può provocare osteoporosi (perdita della massa dell'osso). Poiché le alterazioni descritte sono causate dalla denutrizione è inutile, se non nocivo, provare a risolverli attraverso l'assunzione di ormoni femminili ("la pillola "per essere precisi), perchè la terapia ormonale forzerebbe le nuove perdite mensili che il corpo non recupererà mai e, a lungo termine, peggioreremmo soltanto la situazione.