Η φαρμακευτική αγωγή για τη διπολική διαταραχή παρέχεται από ψυχιάτρους, οι οποίοι έχουν ειδικευθεί στη διάγνωση και θεραπεία των ψυχικών διαταραχών. Παρόλο που άλλοι γιατροί της πρωτοβάθμιας περίθαλψης, οι οποίοι δεν έχουν την ειδικότητα του ψυχιάτρου, είναι σε θέση να συνταγογραφήσουν τα συγκεκριμένα φάρμακα, συνιστάται η επίσκεψη σε ψυχίατρο για τον καθορισμό της θεραπείας.

Υπάρχει ένα ευρύ φάσμα φαρμάκων, γνωστών και ως "φάρμακα σταθεροποιητικά της διάθεσης", που ενδείκνυται για την αντιμετώπιση της διπολικής διαταραχής και μπορεί να χρησιμοποιηθούν για εκτεταμένα χρονικά διαστήματα (δηλ. χρόνια). Στην περίπτωση που θεωρηθεί αναγκαίο, επιπλέον φάρμακα προστίθενται για τυπικά μικρότερες χρονικές περιόδους, προκειμένου να ελέγξουν μια πιθανή έξαρση της νόσου παρά τη χρήση των "σταθεροποιητικών της διάθεσης".

Για την φαρμακευτική αντιμετώπιση της διπολικής διαταραχής αναφέρονται: Το λίθιο (π.χ. Milithin, Lithiofor) ήταν το πρώτο σταθεροποιητικό της διάθεσης σκεύασμα που κυκλοφόρησε και θεωρείται αποτελεσματικό στην αντιμετώπιση της μανίας, καθώς και στην πρόληψη τόσο των μανιακών όσο και των καταθλιπτικών επεισοδίων.

Τα αντιεπιληπτικά, όπως η καρβαμαζεπίνη (π.χ. Tegretol) και το βαλπροϊκό νάτριο (π.χ. Depakine), έχουν επίσης και σταθεροποιητικές ιδιότητες και μπορούν να φανούν ιδιαίτερα χρήσιμα σε δύσκολα αντιμετωπίσιμα διπολικά επεισόδια. Η χρήση τους σε συνδυασμό με το λίθιο ενισχύει τα αντιμανιακά του αποτελέσματα.

Τα τελευταία χρόνια παρατηρείται μια αυξανόμενη τάση τα αντιεπιληπτικά που αναφέρθηκαν όπως και άλλα, να χρησιμοποιούνται ως μονοθεραπεία στην διπολική διαταραχή, ιδιαίτερα εκεί που το λίθιο δεν μπόρεσε να ελέγξει με επιτυχία τα επεισόδια. Στην περίπτωση παιδιών και εφήβων με διπολική διαταραχή, χρησιμοποιείται κυρίως το λίθιο αλλά και ορισμένα αντιεπιληπτικά, η ασφαλής και επαρκής χρήση των οποίων διερευνάται συστηματικά. Οι γυναίκες με διπολική διαταραχή, οι οποίες επιθυμούν να συλλάβουν, οφείλουν να συμβουλευθούν τον γιατρό τους σχετικά με τους κινδύνους που μπορεί να ενέχει, σε αυτή την περίπτωση, η φαρμακευτική αγωγή. Η μελέτη νέων, ασφαλέστερων φαρμάκων, που θα μπορούν να χορηγηθούν κατά τη διάρκεια τόσο της κύησης όσο και της γαλουχίας, πραγματοποιείται στις ημέρες μας. Η χορήγηση αντικαταθλιπτικών φαρμάκων κρίνεται, επίσης, απαραίτητη σε οξέα καταθλιπτικά επεισόδια. Ωστόσο, σχετικές μελέτες στο χώρο έχουν δείξει, ότι άτομα με διπολική διαταραχή που βρίσκονται σε αντικαταθλιπτική αγωγή αντιμετωπίζουν διαρκώς τον κίνδυνο εκδήλωσης υπομανιακού / μανιακού επεισοδίου ή ταχείας εναλλαγής φάσεων. Για το λόγο αυτό, η χορήγηση "σταθεροποιητών της διάθεσης" είναι αναγκαία είτε μόνη είτε σε συνδυασμό με τα αντικαταθλιπτικά.

Σε οξέα μανιακά επεισόδια, όπου η ταχεία θεραπεία κρίνεται αναγκαία, ή σε περιπτώσεις που το άτομο με διπολική διαταραχή δεν ανταποκρίνεται σε αγωγή με λίθιο και αντιεπιληπτικά, χορηγούνται αντιψυχωτικά φάρμακα, όπως η αλοπεριδόλη (Aloperidine), η ρισπερισδόνη (Risperdal) και η ολανζαπίνη (Zyprexa). Σε περίπτωση που παρατηρείται αϋπνία, δηλαδή το άγχος του ατόμου δε μειώνεται, είναι δυνατό να χορηγηθούν βενζοδιαζεπίνες (π.χ. Tavor, Stedon).

Πιθανές τροποποιήσεις της φαρμακευτικής αγωγής μπορεί να είναι αναγκαίες κατά την πορεία της νόσου, προκειμένου να είναι πιο αποτελεσματική η αντιμετώπισή της. Για τις τροποποιήσεις αυτές, αποκλειστικά υπεύθυνος είναι ο ψυχίατρος, ο οποίος πρέπει να ενημερώνεται και για τυχόν χρήση άλλων φαρμάκων ή φυσικών συμπληρωμάτων της διατροφής παράλληλα με την αγωγή για την αντιμετώπιση της διπολικής διαταραχής. Προκειμένου να περιοριστεί ο κίνδυνος της υποτροπής, είναι σημαντικό να ακολουθείται πιστά το προτεινόμενο θεραπευτικό σχήμα.